Komisioni Europian ka vlerësuar lart rolin aktiv dhe të qëndrueshëm të Kontrollit të Lartë të Shtetit në luftën kundër korrupsionit në Shqipëri.
Në raportin më të fundit të KE-së për sundimin e ligjit për vitin 2025 për Shqipërinë, KLSH përmendet si një nga institucionet me performancë konkrete dhe bashkëpunim efektiv me organet e drejtësisë. Vetëm gjatë vitit 2024, KLSH ka referuar 13 raste me elementë penalë në prokurori dhe ka kërkuar hetime për 35 të tjera.Ndryshe nga ky shembull pozitiv, Komisioni kritikon ashpër institucionet e tjera që refuzojnë të bashkëpunojnë, duke sabotuar në heshtje përpjekjet për transparencë dhe ndëshkueshmëri. Raporti thekson se koordinimi ndërinstitucional mbetet i dobët dhe numri i referimeve nga administrata publike ka rënë ndjeshëm. Në të njëjtën kohë, KE nënvizon se KLSH ka krijuar një praktikë solide në adresimin e shkeljeve, duke i kaluar çështjet me prioritet të lartë organeve hetimore. Por ndërsa KLSH tregon gatishmëri dhe integritet, institucionet e tjera nuk kryejnë vlerësime të rrezikut dhe shpesh neglizhojnë zbatimin e masave parandaluese. në këtë kontekst Brukseli bën thirrje për bashkëpunim të detyruar institucional dhe rikthimin e përgjegjshmërisë në sistemin publik. Pra ky është një mesazh i qartë, ku BE kërkon që puna e KLSH-së të mos izolohet apo pengohet, por të mbështetet si një shtyllë kyçe në betejën kundër korrupsionit.
Pjesë nga raporti i KE:Megjithëse janë ndërmarrë disa hapa organizativë, kuadri institucional për parandalimin e korrupsionit mbetet kryesisht joefektiv dhe bashkëpunimi me organet ligjzbatuese ka ende nevojë për forcim të mëtejshëm. Drejtoria e Përgjithshme Kundër Korrupsionit (DPKK) u transferua nga Ministria e Drejtësisë tek Ministri i Shtetit për Administratën Publike dhe Antikorrupsionin në qershor 2024.DPKK iu nënshtrua një riorganizimi të kapaciteteve që merren me hetimet administrative dhe vlerësimin e riskut, me qëllim për t’i dhënë më shumë theks parandalimit, edhe pse ajo mbetet gjithashtu përgjegjëse për hetimet administrative të centralizuara. Mungesat vazhdojnë në lidhje me kapacitetet e DPKK-së për të mbikëqyrur në mënyrë efektive zbatimin dhe vlerësimin e masave parandaluese, si dhe për të kryer vlerësime të thelluara të riskut. Janë bërë disa përpjekje, veçanërisht në fusha me risk të lartë për korrupsion, por zbatimi efektiv mbetet i kufizuar. Funksionimi i plotë ende mbetet për t’u dëshmuar. Bashkëpunimi ndërmjet institucioneve përgjegjëse për parandalimin e korrupsionit dhe strukturave përkatëse ligjzbatuese vazhdon të jetë i dobët, ndërsa numri i referimeve ka pësuar një rënie të mëtejshme.Kontrolli i Lartë i Shtetit (KLSH) ka një histori më të fortë sa i përket referimeve gjyqësore dhe bashkëpunimit me organet e ndjekjes penale. Në vitin 2024, KLSH referoi 13 raste me elementë penalë për ndjekje penale. Përveç kësaj, 35 referime për çështje që kërkojnë hetime të mëtejshme janë ndarë me organet e prokurorisë me kërkesë të tyre.